当初は、高速で低レベルな独自の (ISAM) ルーチンを使用してテーブルに接続するために mSQL データベースシステムを使用するつもりでした。 しかし、いくつかのテストを行なった結果、mSQL はそれほど高速でも柔軟でもないため、ニーズに合わないという結論に至りました。 これが要因となって、私たちのデータベースへの新しい SQL インタフェースを開発することになりました。ただし、mSQL とほとんど同じ API インタフェースを使用することにしました。 この API は、mSQL で使用するために記述されたサードパーティーのコードを MySQL で使用するために簡単に移植できるように設計されています。

MySQL は、共同創設者 Monty Widenius の娘の My にちなんで名づけられました。

MySQL のドルフィン (当社のロゴ) の名前は 「Sakila,」 です。「ドルフィンのネーミング」コンテストで、ユーザーによって提案された膨大な数の名前の中から選ばれました。 受賞者の名前は、アフリカのエスワティニ (旧称スワジランド) のオープンソースソフトウェア開発者 Ambrose Twebaze によって提出されました。 アンブローズによると、Sakila というフェミニン名は、エスワティニ語のローカル言語である SiSwati のルートを持っています。 また、Sakila は、Ambrose の出生国であるウガンダに近い、タンザニアのアルーシャにある町の名前でもあります。